In lutto per la perdita di Clarice, Lorenzo si lascia convincere da Bernardi che l'unica soluzione per non perdere tutto sia uccidere Savonarola, il cui seguito si fa sempre più grande. Il frate, ormai, predica apertamente il rovesciamento dell'ordine costituito per fondare una nuova Gerusalemme. Il piano di Lorenzo è pronto e gli assassini reclutati, ma il figlio Piero, amico di Tommaso Peruzzi, comunica le intenzioni del padre a Savonarola, mettendo a rischio la vita del genitore e della famiglia.